0:00:00.000,0:00:04.000
Dobrý den, vítám Vás u další přednášky z modulu Animal Breeding. 

0:00:04.000,0:00:11.000
Dnes se budeme bavit o plemenné hodnotě. Plemenná hodnota představuje odhad genetického založení jedince, 

0:00:11.000,0:00:19.000
jeho tzv. genetickou hodnotu a představuje jeden ze základních genetických parametrů, které se využívají ve šlechtění hospodářských zvířat. 

0:00:19.000,0:00:27.000
Jak již bylo v předchozích přednáškách řečeno, šlechtění hospodářských zvířat je založeno na odhadu genetického založení jedince, 

0:00:27.000,0:00:31.000
které získáváme právě prostřednictvím plemenné hodnoty.

0:00:31.000,0:00:39.000
Cílem šlechtění je zisk chovatele, který je získáván prostřednictvím užitkovosti zvířete. 

0:00:39.000,0:00:45.000
Jak již bylo v předchozích přednáškách řečeno - sledovaná užitkovost je ovlivněna celou řadou faktorů  

0:00:45.000,0:00:55.000
a to jak prostřeďových – kam patří například vnější a vnitřní prostředí, výživou, chovatelem, ale hlavně genetickou výbavou jedince, 

0:00:55.000,0:01:01.000
která v závislosti na sledované vlastnosti ovlivňuje danou užitkovost z 5 -10 %. 

0:01:01.000,0:01:08.000
Na celkové užitkovosti se jednotlivé faktory podílejí následujícím podílem: 

0:01:08.000,0:01:22.000
Vliv chovatele představuje přibližně 60% z celkové proměnlivosti užitkovosti, náhodné vlivy prostředí z 30% a genetické založení jedince v průměru asi 10%. 

0:01:22.000,0:01:34.000
Přestože genetické založení představuje relativně malou část celkové proměnlivosti, je díky ní dosahován významný genetický pokrok a následně lepší ekonomika pro chovatele.

0:01:34.000,0:01:47.000
Plemenná hodnota má několik definicí. Avšak plemenná hodnota je vždy vyjadřována jako odchylka jedince od průměru populace. 

0:01:47.000,0:01:57.000
Jednotlivé definice, které jsou zde uvedené, vycházejí z časového konceptu možnosti stanovení genetického založení jedince. 

0:01:57.000,0:02:10.000
Úplně první definice vychází z konceptu kontroly dědičnosti, kdy byla genetická hodnota jedince, převážně plemeníka, stanovována na základě kontroly užitkovosti potomstva. 

0:02:10.000,0:02:20.000
A zní , že plemenná hodnota představuje dvojnásobek průměrné odchylky užitkovosti potomstva od průměru populace při náhodném připařování.

0:02:20.000,0:02:29.000
Další koncept, definice plemenné hodnoty, vychází z chápání plemenné hodnoty jako průměrného efektu všech genů,

0:02:29.000,0:02:44.000
které získají potomci daného plemeníka či plemenice. A je definována jako dvojnásobek průměrných genových efektů daného jedince (plemeníka, nebo plemenice).

0:02:44.000,0:02:51.000
Poslední definice již vychází z novodobého pohledu na plemennou hodnotu, 

0:02:51.000,0:03:03.000
kdy díky vyspělým výpočetním a molekulárně genetickým postupům jsme schopni stanovovat genetické založení jedince již z jeho vlastní užitkovosti. 

0:03:03.000,0:03:11.000
A je definována jako genetická odhcylka jedince od průměru populace, či vrstevníků.

0:03:11.000,0:03:25.000
Jak již bylo řečeno, plemenná hodnota vždy představuje genetickou odchylku jedince od průměru populace a je definována jako additivně genetická odchylka,

0:03:25.000,0:3:31.000
protože plemenná hodnota je založena pouze na additivním působení genů.
 
0:03:31.000,0:03:41.000
Na tomto snímku, si představíme podstatu plemenné hodnoty. Budeme zde vycházet z klasické genetické teorie, kdy uvažujeme, 

0:03:41.000,0:03:53.000
že fenotypovou hodnotu je možné vyjádřit jako funkci genotypu a prostředí a dále, že oba efekty, jak genetický, tak prostředový, vyjadřujeme jako odchylku od průměru populace. 

0:03:53.000,0:04:06.000
Celkovou genetickou hodnotu můžeme dále rozdělit na efekt aditivního působení genů, neboli aditivně genetický efekt, a dále na efekt dominance a interakce, neboli epistáze. 

0:04:06.000,0:04:18.000
A protože v čistokrevné plemenitbě se očekávají malé efekty dominance a epistáze, je možné genetickou hodnotu jedince vyjádřit pouze aditivním efektem genů. 

0:04:18.000,0:04:29.000
Plemenná hodnota, která představuje odhad genetického založení jedince, je tudíž založena na odhadu průměrného aditivního účinku genů.

0:04:29.000,0:04:41.000
Proč je plemenná hodnota brána jako dvojnásobek odchylky užitkovosti potomstva od průměru populace při náhodném připařování si vysvětlíme na následujícím příkladu. 

0:04:41.000,0:04:56.000
Mějme plemeníka s genotypem homozygot dominantní. Tohoto plemeníka budeme pářit se skupinou náhodně vybraných plemenic, u kterých očekávám zastoupení všech genotypů. 

0:04:56.000,0:05:11.000
Jak víme, plemeník může vytvářet pouze jeden typ gamet, a to pouze s dominantní alelou, naopak skupina plemenic vytváří všechny typy gamet, v tomto případě gamety s dominantní a recesivní alelou. 

0:05:11.000,0:05:17.000
Pokud dojde k splynutí gamet, v populaci potomků se budou vyskytovat všechny typy genotypů. 

0:05:17.000,0:05:25.000
Z důvodu, že matky byly vybrány náhodně, očekáváme, že efekt matky na užitkovosti potomstva je nulový.  

0:05:25.000,0:05:34.000
To znamená, že efekt odchylky potomstva od průměru populace je přisuzován pouze samci. 

0:05:34.000,0:05:44.000
Jak ale z obrázku je zřejmé, plemeník se na potomstvu podílí pouze polovinou svého genotypu – pouze jednou alelou. 

0:05:44.000,0:05:56.000
Abychom dostali celý genetický efekt plemeníka, musíme vynásobit odchylku dvěma. Proto dvojnásobek průměrné odchylky užitkovosti potomstva.
 
0:05:56.000,0:06:04.000
Jak již bylo řečeno plemenná hodnota je definována jako průměrný aditivní efekt genů jedince. 

0:06:04.000,0:06:15.000
Protože plemenná hodnota představuje pouze aditivní efekt genů, je možné ji využít k odhadu genetického založení potomků vybraných rodičů a naopak. 

0:06:15.000,0:06:23.000
Důvodem je, že průměrná genetická hodnota rodičů odpovídá průměrné genetické hodnotě jejich potomků. 

0:06:23.000,0:06:32.000
Naopak také z průměrné genetické hodnoty potomstva můžeme odhadnou průměrnou genetickou hodnotu rodiče. 

0:06:32.000,0:06:38.000
A to z toho důvodu, že každý potomek získává 50% genů od každého rodiče.

0:06:38.000,0:06:45.000
Závěry z předchozího snímku lze využít k odhadu průměrné užitkovosti potomků. 

0:06:45.000,0:06:52.000
Kdy stačí k průměru užitkovosti populace přičíst průměr plemenných hodnot otce a matky. 

0:06:52.000,0:07:01.000
Je ale důležité si uvědomit, že tento vztah je platný pouze u velké skupiny potomků, nikoliv u jednoho plemeníka (potomka).

0:07:01.000,0:07:11.000
A to z důvodu toho, že u jednoho potomka je nutné do vztahu navíc zavrhnout tzv. „Mendelistický výběr“.

0:07:11.000,0:07:25.000
Efekt Mendelistického výběru si představíme zde. Uvažujme dva jedince, které chceme pářit. Oba jedinci vytvářejí dva typy gamet.

0:07:25.000,0:07:40.000
Předpokládejme, že se narodí čtyři vlastní sourozenci, například v jednom vrhu. Dle klasického přístupu očekáváme, že průměrná příbuznost těchto potomků bude rovna hodnotě 0,5. 

0:07:40.000,0:07:52.000
Ovšem když se podíváme na obrázek zjistíme, že potomci 1 a 2 mají identické genetické založení a naopak jedinec 1 a 4 jsou si geneticky úplně nepříbuzní. 

0:07:52.000,0:08:02.000
Když bychom zprůměrovali příbuznost mezi všemi vlastními sourozenci, získali bychom očekávanou hodnotu 0,5, jak bylo uvedeno.  

0:08:02.000,0:08:10.000
Mendelistický výběr tudíž představuje nahodilost, z jakého typu gamet vznikne nový potomek.  

0:08:10.000,0:08:20.000
Tudíž u jednoho potomka, díky Mendelistickému výběru, nejsme schopni určit jeho očekávanou užitkovost. 

0:08:20.000,0:08:31.000
Ale u velké skupiny potomků, dochází k vynulování vlivu mendelistického výběru, protože v průměru potomci odpovídají očekávaným hodnotám. 

0:08:31.000,0:08:40.000
Proto u veliké skupiny potomků jsme schopni předpovídat užitkovost s relativně vysokou spolehlivostí. 

0:08:40.000,0:08:46.000
Jak již bylo řečeno, plemenná hodnota je vždy pouze odhad, či předpověď. 

0:08:46.000,0:08:55.000
A to z důvodu, že zatím nejsme schopni zjisti přesné genetické založení jedince a účinek jednotlivých genů daného jedince. 

0:08:55.000,0:09:05.000
A tento odhad je vyjadřován jako odchylka jedince od průměru populace – buď přímo jako odchylka jedince při kontrole užitkovosti, 

0:09:05.000,0:09:14.000
nebo jako dvojnásobek odchylky průměrné užitkovosti potomstva při náhodném připařování, tzv. testační připařování. 

0:09:14.000,0:09:22.000
Toto testační připařování se využívá většinou u vlastností, které nejsme schopni měřit na daném jedinci. 

0:09:22.000,0:09:30.000
Donedávna do této skupiny patřila například předpověď genetického založení pro mléčnou užitkovost plemeníků u dojeného skotu.

0:09:30.000,0:09:43.000
Jedinou s možností, jak získat přesné hodnoty genetického založení jedince by bylo tehdy, kdyby sledovaná vlastnost dosahovala hodnoty koeficientu dědivosti rovné 1, 

0:09:43.000,0:09:51.000
či v případě, kdyby kontrola dědičnosti pro plemeníka či plemenici byla založena na nekonečně velké skupině potomků. 

0:09:51.000,0:09:59.000
Bohužel obě podmínky u kvantitativních vlastností jsou v praktickém šlechtění nereálné.

0:09:59.000,0:10:08.000
Odhad plemenné hodnoty je možný na základě těchto zdrojů informací a jejich vzájemné kombinace: 

0:10:08.000,0:10:18.000
Patří se m užitkovost předka, vlastní užitkovost, užitkovost sourozenců, ať vlastních či polosourozenců, a užitkovost potomků. 

0:10:18.000,0:10:30.000
Odhad plemenné hodnoty je získáván pomocí následujícího vztahu. Plemenná hodnota je vyjadřována jako odchylka jedince od průměru populace. 

0:10:30.000,0:10:43.000
Jedná se o regresovaný vztah, který je vyjádřen hodnotou regresního koeficientu "b". Tento regresní koeficient nabývá hodnoty na základě zdroje užitkovosti, 

0:10:43.000,0:10:55.000
pomocí kterého se snažíme odhadnout genetické založení jedince. V tabulce jsou uvedeny i vztahy pro získání jednotlivých hodnot regresního koeficientu "b". 

0:10:55.000,0:11:10.000
Protože plemenná hodnota je odhad, je nutné kvantifikovat přesnost, či spolehlivost s jakou byla plemenná hodnota stanovena. Přesnost plemenné hodnoty, která se značí „r“, 

0:11:10.000,0:11:20.000
představuje vztah (korelace) mezi odhadnutou plemennou hodnotou a skutečnou genetickou hodnotou jedince. Spolehlivost plemenné hodnoty, 

0:11:20.000,0:11:35.000
která se značí jako „r2“ je vyjádřena determinačním koeficientem, spolehlivost vyjadřuje z kolika procent je skutečná genetická hodnota jedince vysvětlená odhadnutou plemennou hodnotou.

0:11:35.000,0:11:45.000
Vysvětlení pojmu přesnost si ukážeme na následujících obrázcích. Mějme skupinu například 1000 jedinců. 

0:11:45.000,0:11:57.000
Co jedinec to bod v grafu. Na ose y máme vynesenou skutečné genetické založení jedince, na ose x máme předpovězenou plemennou hodnotu jedince. 

0:11:57.000,0:12:06.000
Předpokládejme přesnost odhadu plemenné hodnoty pro danou populaci jedno procento, tzn. hodnotu 0,01. 

0:12:06.000,0:12:17.000
Pokud bychom vybírali 10 % nejlepších jedinců na základě plemenné hodnoty, vybrali bychom ve skutečnosti pouze 4 jednice s nejlepším genetickým založením. 

0:12:17.000,0:12:29.000
V tomto grafu jsou tito jedinci označení zeleně. Černě označení jedinci, jsou jedinci, kterým byla odhadnuta vysoká hodnota plemenné hodnoty, 

0:12:29.000,0:12:40.000
ale jejich skutečné genetické založení je průměrné či podprůměrné. Naopak červeně označení jedinci jsou jedinci s nejlepším genetickým založením,

0:12:40.000,0:12:44.000
ale s odhadnutou průměrnou či podprůměrnou plemennou hodnotou. 

0:12:44.000,0:12:55.000
Z grafu vyplývá, že pokud je hodnota přesnosti plemenné hodnoty nízká, předpovězená plemenná hodnota moc neodpovídá skutečnému genetickému založení jedince. 

0:12:55.000,0:13:09.000
Pokud by byla přesnost plemenné hodnoty rovna 0,5, již bychom vybrali větší podíl jedinců se skutečně nevyšším genetickým založením.

0:13:09.000,0:13:23.000
A při hodnotě přesnosti 0,8 již vybíráme na základě předpovědi plemenné hodnoty většinu jedinců se skutečně nevyšším genetickým založením. 

0:13:23.000,0:13:33.000
Z těchto grafů tudíž vyplývá významný vliv parametru přesnosti plemenné hodnoty na odezvu selekce neboli genetického zisku. 

0:13:33.000,0:13:44.000
Pokud na základě plemenné hodnoty chybně vybereme jedince s podprůměrným genetickým založení, odezva na selekci nemůže dosahovat vysokých hodnot.

0:13:44.000,0:13:57.000
V této přednášce byl představen koncept plemenné hodnoty a její vliv na šlechtění. Děkuji za pozornost a těším se na setkání u dalšího videa.