0:00:00.000,0:00:07.000 Dobrý den, vítám vás u dalšího videa z modulu Conservation and Sustainable Use of Animal Genetic Resources, 0:00:07.000,0:00:12.000 kde si ukážeme základní operace s rodokmenovými záznamy. ----------------------------------- 0:00:12.000,0:00:20.000 Je třeba si na začátku uvědomit základní rozdíl mezi pojmy: koeficient příbuznosti a koeficient příbuzenské plemenitby. 0:00:20.000,0:00:33.000 Koeficient příbuznosti představuje pravděpodobnost, že dva příbuzní jedinci zdědili alelu téhož lokusu od společného předka (tzv. IBD alela – „identical by descent“). 0:00:33.000,0:00:48.000 Naopak Koeficient příbuzenské plemenitby – Fx, představuje pravděpodobnost, že dvě homologní alely jedince jsou identické dle původu (IBD – autozygotní). ------------------------------------------ 0:00:48.000,0:00:55.000 Jako prvním se budeme zabývat koeficientem příbuzenské plemenitby, neboli koeficientem inbreedingu. 0:00:55.000,0:01:05.000 Pro odhad úrovně koeficientu příbuzenské plemenitby je možné použít několik přístupů. Zde na snímku jsou uvedeny dva základní. 0:01:05.000,0:01:15.000 Jedním z nich je koeficiente příbuzenské plemenitby dle Wrighta a druhým je koeficient příbuzenské plemenitby na základě aditivní matice příbuznosti. 0:01:15.000,0:01:20.000 O obou přístupech jsme se již zmiňovali v přednáškovém videu. 0:01:20.000,0:01:30.000 Metoda sestavení aditivní matice příbuznosti je podrobně probrána v přednáškovém modulu „Animal Breeding“ – téma „Genetická hodnota jedince“. -------------------------------------------- 0:01:30.000,0:01:38.000 Následně bude uvedeno několik ukázkových příkladů na kterých si ukážeme jednotlivé přístupy. ------------------------------------------- 0:01:38.000,0:01:45.000 Chceme zjistit úroveň koeficientu příbuzenské plemenitby pro jedince Rek I. 0:01:45.000,0:01:51.000 V uvedeném rodokmenu se nachází jeden společný předek a to jedinec Baronka. 0:01:51.000,0:01:57.000 Tento jedinec se nachází v druhé generaci předků, z toho vyplývá, 0:01:57.000,0:02:08.000 že počet volných generací ze strany otce (Kazan) je roven 1 a počet volných generací ze strany matky (Poly) je také roven 1. ----------------------------------------------- 0:02:08.000,0:02:16.000 Pokud tyto informace vložíme do příslušného vztahu pro odhad koeficientu příbuzenské plemenitby dle Wrighta, 0:02:16.000,0:02:24.000 kde n1 a n2 je právě počet volných generací ze strany otce a ze strany matky k společnému předku, 0:02:24.000,0:02:38.000 kdy počet těchto volných generací ze strany matky a otce byl v obou případech roven 1, získáme hodnotu koeficientu příbuzenské plemenitby odpovídající 0,125, 0:02:38.000,0:02:42.000 neboli jak je zde uvedeno 12,5 %. --------------------------------------------------- 0:02:42.000,0:02:51.000 Shodnou hodnotu získáme i tehdy pokud využijeme k zjištění těchto hodnot aditivní matici příbuznosti. 0:02:51.000,0:03:02.000 Koeficient příbuzenské plemenitby je zde uveden na diagonále a pro jedince Rek I představuje hodnotu 1,125 - 1. 0:03:02.000,0:03:08.000 To znamená hodnota koeficientu příbuzenské plemenitby je 0,125. 0:03:08.000,0:03:18.000 Jak z aditivní matice příbuznosti vyplývá koeficient příbuzenské plemenitby jedince odpovídá polovině aditivní příbuznosti mezi rodiči daného jedince. 0:03:18.000,0:03:32.000 Aditivní příbuznost jedince Rek I, což je otec Kazan a matka Poly, nabývá hodnotu 0,25. Znázorněno zde červeně. ---------------------------------------- 0:03:32.000,0:03:46.000 Zde na snímku si uvedeme situaci kdy chceme předpovědět hodnotu koeficientu příbuzenské plemenitby budoucího potomka jedince Rek I a Poly. 0:03:46.000,0:03:50.000 Je třeba si uvědomit, že Poly je matka jedince Rek I. 0:03:50.000,0:03:55.000 Proto nejbližším společný předek je v tomto případě Poly. 0:03:55.000,0:04:11.000 Počet volných generací od rodičů k společnému předku je od otce (Rek I) roven 1 a od matky (Poly) roven 0, protože právě matka (Poly) je společný předek. -------------------------------------------------------- 0:04:11.000,0:04:31.000 Proto hodnota očekávaného koeficientu příbuzenské plemenitby pro budoucího potoka mezi jedincem Rek I a Poly je roven hodnotě 0,3125, to znamená 31,25 %. ------------------------------------- 0:04:31.000,0:04:43.000 Opět pokud využije pro předpověď hodnoty koeficientu příbuzenské plemenitby jedince X, vzniklého pářením jedince Rek I a Poly, 0:04:43.000,0:04:55.000 aditivní matici příbuznosti dostaneme podobně jako na předchozím snímku hodnotu 0,3125. Z aditivní matice příbuznosti, dále vyplývá, 0:04:55.000,0:05:02.000 že koeficient příbuznosti mezi jedincem Rek I a Poly je roven 0,625. 0:05:02.000,0:05:19.000 A opět koeficient příbuzenské plemenitby odpovídá polovině příbuzenského vztahu mezi otcem Rek I a matkou Poly, v tomto případě jak již je uvedeno hodnotě 0,3125. ---------------------------------------- 0:05:19.000,0:05:31.000 Ale protože někdy v plemenitbě vznikají složitější kombinace v následujících případech si ukážeme složitější příbuzenské vztahy. ------------------------------------------- 0:05:31.000,0:05:44.000 Zde máme uveden jeden ze složitějších rodokmenů. Na tomto snímku jsou uvedeni všichni možní společní předkové v daném rodokmenu. 0:05:44.000,0:05:53.000 Jedná se o jedince: Dan, o jedince Jiskra, o jedince Kim a o jedince Orka. 0:05:53.000,0:06:06.000 Pokud bychom chtěli vybrat všechny inbrední jedince v tomto rodokmenu, jednalo by se o tyto jedince: jedinec Dan, který má koeficient příbuzenské plemenitby 0,125. 0:06:06.000,0:06:10.000 a jehož společným předkem je jedinec Ziki. 0:06:10.000,0:06:20.000 Bára, která má koeficient příbuzenské plemenitby 0,0625 a její společný předek je jedinec Kim. 0:06:20.000,0:06:33.000 A Alan, který má koeficient příbuzenské plemenitby 0,1953, jehož společným předkem je Dan a navíc jedinec Kim. -------------------------------------------- 0:06:33.000,0:06:44.000 Na tomto snímku je znázorněn odhad koeficientu příbuzenské plemenitby dle Wrighta (1922) pro jedince "Alana". 0:06:44.000,0:06:53.000 Celková hodnota koeficientu příbuzenské plemenitby pro Alana představuje hodnotu přibližně 20%. 0:06:53.000,0:06:59.000 Alan má na straně otce i na straně matky několik společných předků. 0:06:59.000,0:07:08.000 Jedním z nich je například Dan, který je dokonce sám inbrední a jeho koeficient příbuzenské plemenitby představuje hodnotu 0,125. 0:07:08.000,0:07:18.000 Dan do celkové hodnoty koeficientu příbuzenské plemenitby přispívá 14% 0:07:18.000,0:07:31.000 Dalším společným předkem pro jedince Alana je jedinec Jiskra. Jiskra do celkového koeficientu příbuzenské plemenitby jedince Alana přispívá hodnotou 3%. 0:07:31.000,0:07:44.000 Dalším společným předkem je jedinec Kim, který přispívá do celkového koeficientu příbuzenské plemenitby 1,56% 0:07:44.000,0:07:54.000 A posledním společným předkem pro jedince Alana je Orka. Která přispívá hodnotou 0,78%. 0:07:54.000,0:08:07.000 Pokud sečteme všechny tyto podíly dostaneme již zmíněnou hodnotu přibližně 20%. Což odpovídá celkovému koeficientu příbuzenské plemenitby pro jedince Alana. ------------------------------------- 0:08:07.000,0:08:16.000 Uvedený příklad začíná být komplikovaný, a proto je velmi snadné přehlédnout nějaký příbuzenský vztah. ---------------------------- 0:08:16.000,0:08:24.000 Z tohoto důvodu je vhodnější u komplikovanějších vztahů použít sestavení aditivně genetické matice příbuznosti. 0:08:24.000,0:08:35.000 Jak za aditivní matice příbuznosti vyplývá, odhad koeficientu příbuzenské plemenitby pro jedince Alana dosahuje shodných hodnot jako v příchozím výpočtu. 0:08:35.000,0:08:50.000 Drobné nepřesnosti jsou způsobeny zaokrouhlujícími chybami. Navíc z aditivní matice příbuznosti je možné přímo odečítat koeficienty příbuzenské plemenitby pro všechny jedince v rodokmenu 0:08:50.000,0:08:55.000 a možné příbuzenské vztahy mezi jednotlivými jedinci --------------------------------- 0:08:55.000,0:09:07.000 Na závěr si uveďme pár případů pro zamyšlení. Na každou uvedenou otázku by si měl každý pokusit nalézt správnou odpověď a dokázat si ji zdůvodnit. 0:09:07.000,0:09:12.000 Na dané otázky totiž neexistují přesné odpovědi. 0:09:12.000,0:09:26.000 Na první otázku, kdy se chovatel uchýlí k příbuzenské plemenitbě může být odpověď například, že se daný chovatel snaží zafixovat nějaké chovatelsky významné znaky či vlastnosti. 0:09:26.000,0:09:31.000 Ale existuje dalších celá řada správných odpovědí 0:09:31.000,0:09:44.000 Na druhou otázku jestli je příbuzenská plemenitby špatná, zas neexistuje jednoznačná odpověď protože jak z názvu vyplývá plemenitba nemůže být špatná ani dobrá, 0:09:44.000,0:09:54.000 ale záleží na okolnostech. Například pokud se chovatel snaží zafixovat nějaké významné chovatelské znaky či vlastnosti, jak již bylo zmíněno, 0:09:54.000,0:10:08.000 jedná se o dobrý, nebo pozitivní přístup. Naopak pokud dochází k zafixování špatných a nežádoucích vlastností a dochází k tak zvané inbrední depresi, 0:10:08.000,0:10:24.000 jedná se o špatný příklad. Nebo o špatnou část plemenitby. Na poslední otázku, zda existuje určitá úroveň koeficientu příbuzenské plemenitby která neškodí, opět neexistuje jednoznačná odpověď, 0:10:24.000,0:10:34.000 Protože někdy inbreeding, jak již bylo řečeno, může být pozitivní a někdy negativní. ---------------------------------- 0:10:34.000,0:10:42.000 Na závěr tohoto videa, bych vám rád poděkoval za pozornost a těším se na další setkání u dalších videí.