Metóda prototypovania znamená stanovenie požiadaviek užívateľa pomocou rýchleho vývoja aplikácie pri využití množiny návrhových, vývojových a implementačných krokov. Do celého procesu vývoja sú výrazne zapojení cieľoví užívatelia. V extrémnej forme prototypovania je v priebehu bežnej pracovnej doby vedená porada s revíziou najnovšej iterácie danej aplikácie. Revízia ďalšej iterovanej verzie prebieha v nasledujúci pracovný deň.

V niektorých technikách prototypovania sa tieto postupy používajú počas celého vývoja až do ostrej, prevádzkovej verzie aplikácie a databázy. Pri tomto variante sa postupne zvyšuje miera podrobnosti spracovania iterácií, až sa z nej stane plne funkčná aplikácia. V prípade, že zvolíme túto cestu vývoja, prototypovanie nikdy neskončí, a dokonca aj po implementácii a nasadení systému majú ďalšie rozšírenia systému opäť formu prototypovania. Najčastejším „neduhom“ tejto implementačnej techniky je „vyhorenie“ vývojového tímu.

Ďalší variant prototypovania obmedzuje túto metódu len na definíciu požiadaviek. Akonáhle je hotový zoznam požiadaviek, ako aj všetky časti konceptuálneho modelu, s ktorými príde do styku užívateľ (teda užívateľské pohľady), dokončí sa zostatok projektu pomocou klasickej metódy životného cyklu. Firma IBM zaviedla túto metodológiu vo variante tzv. Joint Application Design (JAD), spoločného návrhu aplikácií, ktorý je vhodný najmä v situáciách, kedy sa požiadavky užívateľov dajú klasickými metódami len ťažko zistiť. Najväčším rizikom tohto variantu prototypovania je, že očakávania projektu nie sú stanovené a udržované v spolupráci s obchodnými zadávateľmi. Prototyp je viac-menej “fasádou” systému alebo “očný výter”, rovnako ako vo filme postavíte namiesto celého domu len kulisu vonkajšej fasády bez vnútrajška. Pokiaľ totiž títo ľudia nemajú odborné vedomosti, vôbec nechápu, akú prácu dá vlastný vývoj logiky a štruktúr pre ukladanie dát, ktoré budú tvoriť vnútorné mechanizmy cieľovej aplikácie, a bývajú často sklamaní, keď si uvedomia, že videli niečo, čo na prvý pohľad budí zdanie plne funkčnej aplikácie, ale v skutočnosti to bola len prázdna škrupina. V prípade, že realizujeme metódu prototypovania korektne, môžeme pomocou nej neobyčajne dobre stanoviť požiadavky užívateľov, a veľmi presne opísať taký aplikačný systém, ktorý užívatelia chcú a potrebujú.